首先，对在先引证商标提出撤销连续三年不使用注册商标申请，商标局会给对方寄通知书，要求对方提供近三年的使用证据。撤销三年周期通常在一年半左右。
其次，在提交撤销三年之后，申请人提交该商标的注册申请，注册周期通常在六个月左右。
再次，因注册周期比撤三周期短，所以当申请人商标审查结束时，引证商标撤销三年申请还未出结果，因此申请人商标会下发驳回通知，下发驳回通知后，做驳回复审，等待撤销三年出审查结果。驳回复审周期通常在一年左右。
如果对方未能提供近三年有效的使用证据，该引证商标会被撤销，自然，申请人的商标没有在先障碍，在驳回复审流程即会被商标局核准注册。

法律依据：
《商标法》第三十四条 对驳回申请、不予公告的商标，商标局应当书面通知商标注册申请人。商标注册申请人不服的，可以自收到通知之日起十五日内向商标评审委员会申请复审。商标评审委员会应当自收到申请之日起九个月内做出决定，并书面通知申请人。有特殊情况需要延长的，经国务院工商行政管理部门批准，可以延长三个月。当事人对商标评审委员会的决定不服的，可以自收到通知之日起三十日内向人民法院起诉。
《商标法》第四十九条：注册商标成为其核定使用的商品的通用名称或者没有正当理由连续三年不使用的，任何单位或者个人可以向商标局申请撤销该注册商标。商标局应当自收到申请之日起九个月内做出决定。有特殊情况需要延长的，经国务院工商行政管理部门批准，可以延长三个月。
值得注意的是，很多申请人在商标申请注册之前并未对引证商标提出撤三申请，而是在商标已下发驳回通知书后再对引证商标提出撤三申请，在以前，这种驳回后再复审+撤三的操作方法是成功获得商标所有权的一种途径，但在2018年6月份之后，这种驳回复审的成功几率会大大降低，因为商标评审委员会已不再等待商标局的撤三裁定结果。
根据《国家知识产权局商标评审委员会法务通讯》总第72期中的决定，商标驳回复审案件除以下几种情况外原则上不暂缓审理：（一）在申请商标申请注册之前，引证商标已经处于连续三年不使用撤销程序或者无效宣告程序的；（二）引证商标处于异议程序的；（三）引证商标处于变更、续展、转让程序的。
也就是说，只有在申请商标申请注册之前，引证商标已经处于连续三年不使用撤销程序时，商标评审委员会才会暂缓审理该驳回复审案件，等待引证商标权利状态最终确定。在申请商标驳回后，再对引证商标提出撤三申请，商标评审委员会不再暂缓审理该驳回复审案件，因驳回复审的周期通常短于撤销三年的周期，因此商标评审委员会在撤三还未下发裁定、引证商标还处于权利待定状态时裁定该驳回复审案件，对该商标裁定最终驳回。
因此，在商标驳回之后，通常不再建议申请人做驳回复审，可以通过撤三+重新申请的途径，来争取商标所有权。
     当申请人商标被提撤销三年、又无法提供出近三年有效使用证据时，很多申请人会选择将该商标重新申请注册。但是，通常情况下，当对方提出撤三申请时，对方也已经申请注册了相同或高度近似的商标。在申请人撤销三年和对方驳回复审未下发裁定时，商标局会对申请人第二次申请注册的商标下发暂缓审理通知，等待撤销三年和驳回复审的裁定下发、商标权利确定后，再下发该商标的审查结果。这种审理方式，可以避免撤销三年的双方陷入新申请与撤三的无限循环中。
具体关系和流程可见下表：

因此，当申请人商标被提撤销三年、又无法提供出近三年有效使用证据时，想通过重新申请的方式保留住该商标所有权非常困难。商标申请人在获得商标所有权后，应规范且持续的使用注册商标，发挥商标应有的功能和作用。
商标申请注册的过程并不是一帆风顺的，当商标申请注册途中遇到纠纷时，商标申请人应采用法律手段来维护商标的合法权益。