通过马德里或单一国提交国际商标注册申请，其区别主要体现在办理程序以及收费标准方面。

马德里商标国际注册体系主要是依据马德里协定书及其认定书设立，通过马德里体系提交的商标注册申请，统一交由国际局进行形式审查，再由国际局转交各国的商标主管机关进行进一下的实质性审查。与此不同的是，单一国商标注册申请是由商标注册申请人通过国内外商标代理机构直接提交指定国的商标主管机构。

马德里体系的收费标准实行基础费+指定费+代理费的收费模式，而单一国注册的收费标准采用申请费(官费+代理费)的收费方式。

综合来看，单一国注册的效率更高、所需时间更短;在注册成本方面，如一次性注册的国家较多，马德里收费更低，如一次性注册的国家较少，单一国的成本更低。

两种注册方式各有优势。更多内容欢迎您随时联系我们进行讨论。